Bij de oplevering van het fort in 1913 bood het onderdak aan ruim 300 militairen. Het fort was tot 1975 eigendom van Defensie. Het is het in de loop der jaren vooral gebruikt als gevangenis voor militairen en politieke delinquenten. Gedetineerden hebben in de loop der tijd fraaie muurschilderingen nagelaten en centraal in het fort is een door hen gedecoreerde kapel ingericht.

De sporen van het gebruik door de jaren heen worden in het fort uitgelicht. Daarmee wordt een historisch perspectief gepresenteerd, niet alleen van een militair object, maar ook van een belangrijk stuk geschiedenis van de 20ste eeuw: de watersnood in 1916, de Wereldoorlogen, de Indonesië-crisis en de Koude Oorlog.
 
Een bezoek aan Fort bij Spijkerboor kan goed worden gecombineerd met een kijkje in de Zaanse Schans. De Zaanse Schans is een unieke woon- en werkbuurt vol werkende molens, oude ambachten, bijzondere musea en prachtige groene houten huizen. Beleef, proef en ruik de sfeer uit de achttiende en negentiende eeuw!